A administração e gestão da ESOM é assegurada pelos órgãos sociais da AE2O, que para o efeito nomeia um Director delegando nele as respectivas competências, pedagógicas, administrativas e financeiras. Os documentos orientadores da vida da escola – o Plano de Actividades e o Orçamento são aprovados pelos órgão sociais da AE2O e são ainda apresentados aos parceiros da escola – Câmara Municipal de Matosinhos e Ministério da Educação.

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